三峽擔保集團法人治理結構完善，按現代企業制度設有股東大會、董事會、監事會，實行董事會領導下的總經理負責制。內設董事會辦公室、監事會辦公室、辦公室、人力資源部（組織部）、黨群工作部（黨委辦公室）、紀檢監察室、運營管理部、創新研發部、財務部、風險管理部、審計部、法律合規部、資產保全部、投資業務部、業務一部、業務二部、業務三部、教育擔保部等14部4室。下設江津、萬州、黔江3家市內分公司，成都、武漢、西安、北京、昆明5家異地分公司。擁有重慶兩江新區長江三峽小額貸款有限公司、重慶金寶保信息技術服務有限公司、深圳渝信資產管理有限公司等5家專業性控股或全資子公司。參股重慶市融資再擔保有限責任公司、重慶澤暉股權投資基金管理有限公司、重慶征信有限責任公司等5家公司。構建起以融資擔保為主業，包含金融科技、再擔保、小額信貸、資產管理、股權投資等業態多元的綜合金融服務體系，已基本搭建起綜合金融服務集團的框架布局。
